工藤新一是全国著(zhe )名的高中(zhōng )生(shēng )侦探，在一次(cì )追查(chá )黑衣人犯(fàn )罪团(tuán )伙时不幸被团伙成员(yuán )发现，击晕后喂(wèi )了神奇的药水，工藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一找到了经常帮助他的阿(ā )笠(lì )博士，博士为他度(dù )身打造(zào )不少间(jiān )谍武(wǔ )器。为了防止犯罪团伙(huǒ )对他(tā )进行报(bào )复(fù )，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日(rì )，新一(yī ) 的女友毛利兰来到(dào )了阿笠博士的家(jiā )寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急(jí )之下(xià )编造了自己名叫江户川柯南，随(suí )后柯南(nán )寄居在了小兰家(jiā )。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新(xīn )一可(kě )以籍着和他一起四出办案一(yī )起追(zhuī )查黑夜(yè )人(rén )的下(xià )落。柯南在小学认识步美等(děng )小(xiǎo )学生，他们一(yī )起组织(zhī )了一个少年侦探团，向罪犯宣战！