工藤新一是全国著名的高(gāo )中生侦探，在(zài )一次追查黑衣人犯罪(zuì )团伙时不幸(xìng )被团伙成员(yuán )发现，击晕后喂了(le )神(shén )奇的(de )药(yào )水(shuǐ )，工藤新一变回了(le )小孩！新一找到了经(jīng )常帮助他的阿笠博(bó )士，博士为他度身打造不少间谍武(wǔ )器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新(xīn )一决定(dìng )隐姓埋名，暗中追查他们，希(xī )望(wàng )能得到(dào )解药(yào )。一日，新一 的女友毛利兰(lán )来到了阿笠博士的家(jiā )寻找男友的下落，被小兰(lán )撞见的新一情急之下编造了(le )自己名叫江(jiāng )户川(chuān )柯南，随后柯(kē )南寄居(jū )在了(le )小兰家(jiā )。小兰的(de )父亲(qīn )毛利小五郎是一名私(sī )家侦探，新一可(kě )以籍着和他一(yī )起四出办案一起追查(chá )黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小(xiǎo )学生，他们一起组织了一个少年侦探(tàn )团，向罪犯宣战！