工藤新一是全国著名的高中生侦(zhēn )探，在一次追查(chá )黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙(huǒ )成员发现，击(jī )晕后喂(wèi )了神(shén )奇的药水，工藤(téng )新一变(biàn )回了(le )小孩！新一找到了经常帮(bāng )助他的阿笠博(bó )士(shì )，博士为他度身打造不少间谍武器。为了(le )防止犯罪团伙(huǒ )对他进行报(bào )复，新一(yī )决定隐姓埋(mái )名，暗中追查他们，希望能得(dé )到解药。一日，新一(yī ) 的女友(yǒu )毛(máo )利兰来到(dào )了阿笠博(bó )士的家寻找男友(yǒu )的下(xià )落，被小兰撞见的新一(yī )情急之下(xià )编(biān )造了自己名叫江户川柯南(nán )，随后柯南寄居在了小兰家(jiā )。小(xiǎo )兰的父亲毛利小五郎(láng )是一名私家(jiā )侦探，新一可以籍着和(hé )他一起四出(chū )办案一起追查黑(hēi )夜人(rén )的下(xià )落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一(yī )起组织了(le )一个少年侦探团，向罪犯宣战！