工(gōng )藤新一是全国(guó )著名的高中(zhōng )生侦探，在(zài )一次追(zhuī )查黑(hēi )衣人犯罪团伙时不幸(xìng )被团伙成员发现，击晕后喂了神奇(qí )的药水，工藤新一变回了(le )小孩！新一找到了(le )经常(cháng )帮助他的阿笠(lì )博(bó )士(shì )，博士为他度身打造不少间谍武器(qì )。为了防止犯(fàn )罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们(men )，希望能得到(dào )解药。一日，新一 的女友(yǒu )毛利(lì )兰(lán )来到了阿笠博士的(de )家寻找男友的下落，被(bèi )小兰撞见(jiàn )的新一情(qíng )急(jí )之下编造了自己(jǐ )名(míng )叫江户(hù )川(chuān )柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小(xiǎo )五(wǔ )郎是一名私家(jiā )侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一(yī )起追查(chá )黑夜(yè )人的下落。柯南在(zài )小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战(zhàn )！