工藤新一是全国著名的高中生(shēng )侦探，在(zài )一次追查(chá )黑衣(yī )人犯罪团伙时不幸(xìng )被团伙成员发(fā )现，击晕后(hòu )喂了神奇的药水，工藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一(yī )找到了(le )经常帮助他的(de )阿笠博士，博士为他度身打造(zào )不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进(jìn )行报复，新一决定隐(yǐn )姓埋(mái )名，暗中(zhōng )追查他(tā )们，希望(wàng )能得到解(jiě )药。一日，新一 的女友(yǒu )毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落(luò )，被小(xiǎo )兰(lán )撞见的新一情(qíng )急之下编造了(le )自己(jǐ )名叫江户川柯南，随后柯南(nán )寄居在了小兰家。小兰的父亲毛(máo )利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着(zhe )和他一起四出(chū )办案一起追查黑夜人(rén )的下落。柯南(nán )在小学认识(shí )步美等小(xiǎo )学(xué )生，他(tā )们一起(qǐ )组织了一个(gè )少年侦探团，向罪犯宣战！