工藤新一是全国著名(míng )的高中生侦(zhēn )探，在一次(cì )追查黑衣人(rén )犯罪团伙时不(bú )幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的(de )药水，工藤新一变(biàn )回了小(xiǎo )孩！新一找到了经(jīng )常帮助他的阿笠博士，博(bó )士为他度身打造不少间谍武器。为了(le )防止犯罪(zuì )团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他(tā )们(men )，希望能得(dé )到(dào )解药。一(yī )日，新一(yī ) 的(de )女友毛利兰来到(dào )了阿笠博士的家寻找男(nán )友的下落，被小兰撞见的新(xīn )一情急(jí )之(zhī )下编造了自己名叫江户川(chuān )柯南，随后(hòu )柯南寄居在了小兰家。小(xiǎo )兰(lán )的父亲毛利小五郎是一名私(sī )家侦探，新一可以籍着(zhe )和他(tā )一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南(nán )在小学认识步美等小学生，他们一起(qǐ )组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！