工(gōng )藤新一是全国著名的高中生侦(zhēn )探，在一次追查黑衣人犯罪团(tuán )伙时不幸(xìng )被团伙成员发现(xiàn )，击晕后喂了神奇的药水(shuǐ )，工藤新一变回(huí )了小孩！新一找到了(le )经常帮助他的(de )阿笠博士，博士为他度(dù )身打造不少间谍武器。为了防止犯(fàn )罪团(tuán )伙(huǒ )对他进行报复(fù )，新一决定隐姓埋名(míng )，暗中追(zhuī )查他们(men )，希望能得到解药。一日，新一 的(de )女友(yǒu )毛利兰来(lái )到了阿笠博(bó )士的(de )家寻找男(nán )友的(de )下落，被小兰撞见的新一情急(jí )之下编造(zào )了自己名叫(jiào )江户(hù )川柯南，随后(hòu )柯南寄居在了(le )小兰家。小兰的父亲(qīn )毛利小五郎是一名私家侦探，新一可(kě )以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜(yè )人的下落(luò )。柯南在(zài )小学认识步美等小学生，他们一起组织了一(yī )个少年侦探团，向罪犯宣战！