工藤新一是全国著名的高中生侦探，在(zài )一次追查黑衣人犯罪团(tuán )伙时不幸被(bèi )团伙成员发现，击晕后喂了(le )神(shén )奇的药水，工藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一找(zhǎo )到了经常帮助他的阿(ā )笠(lì )博士，博士为(wéi )他度(dù )身打造不少间谍武器。为了防止犯(fàn )罪团(tuán )伙对他进(jìn )行报(bào )复，新一(yī )决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了(le )阿笠博士的家(jiā )寻找男友的下落，被小兰撞见(jiàn )的新(xīn )一(yī )情急之下(xià )编造了自己(jǐ )名叫江户川柯南，随后柯南寄居(jū )在了小(xiǎo )兰家。小(xiǎo )兰的(de )父亲毛利小五郎是一名私(sī )家侦探，新(xīn )一可以籍着和他一起四出办案一(yī )起(qǐ )追查黑夜人的下(xià )落(luò )。柯南在小学认(rèn )识步(bù )美(měi )等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！