工(gōng )藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次(cì )追查(chá )黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击(jī )晕后(hòu )喂了神奇的(de )药水，工藤新一变回了小孩！新一找到(dào )了经常帮助他的阿笠(lì )博士，博士为他(tā )度身打造不少间谍武器(qì )。为了防(fáng )止(zhǐ )犯罪团(tuán )伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中(zhōng )追查他们，希望能(néng )得到解药(yào )。一日，新(xīn )一 的(de )女友毛利(lì )兰(lán )来到了阿笠博士的家(jiā )寻(xún )找(zhǎo )男友的下落(luò )，被小兰(lán )撞见的新一情急之下编造(zào )了自(zì )己名叫(jiào )江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰(lán )家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探(tàn )，新一可以籍着(zhe )和他一起(qǐ )四出办(bàn )案一起追查黑夜(yè )人的下落。柯南在小学认识步美(měi )等小学生，他们一起组织了一个少(shǎo )年侦(zhēn )探团，向罪(zuì )犯宣战！