工藤新一是全国著名(míng )的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员(yuán )发现，击晕后喂(wèi )了神(shén )奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找(zhǎo )到(dào )了经(jīng )常帮(bāng )助他的阿笠博(bó )士，博士为他(tā )度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团(tuán )伙对他进行报复，新(xīn )一(yī )决定隐姓埋(mái )名，暗中(zhōng )追查他们，希望能得到(dào )解药。一日，新一(yī ) 的女友毛(máo )利兰来到了阿笠博士(shì )的(de )家寻找男友的(de )下落，被(bèi )小兰撞见(jiàn )的新(xīn )一情急之下编造了自己名叫江户川(chuān )柯南，随后柯南(nán )寄居在了小(xiǎo )兰家。小兰的父亲毛利小五郎(láng )是一名私(sī )家侦探，新一可以籍着(zhe )和他一起四出办案(àn )一起(qǐ )追查黑夜人(rén )的下落。柯南在小学认识步美等小学(xué )生，他(tā )们一起组(zǔ )织了一个少年侦探团，向(xiàng )罪犯宣战！