工藤新一是全(quán )国著名的高(gāo )中生侦探(tàn )，在一次追(zhuī )查黑衣人犯罪团(tuán )伙时不幸被团(tuán )伙(huǒ )成员发现(xiàn )，击晕后喂了神奇的(de )药水，工(gōng )藤新一(yī )变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为(wéi )了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追(zhuī )查他们，希望能得到(dào )解药。一(yī )日，新一(yī ) 的女友毛(máo )利兰来到了阿笠博(bó )士的家寻(xún )找(zhǎo )男友的下落，被小兰撞见的新一情急之(zhī )下编造了自(zì )己名叫江户川柯南，随后柯(kē )南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小(xiǎo )五郎是一名(míng )私家侦探，新(xīn )一可以籍着(zhe )和(hé )他一起四出办案一起追查黑(hēi )夜人(rén )的下落。柯南在(zài )小学认识步美等小(xiǎo )学生，他(tā )们一起组织了(le )一(yī )个(gè )少年(nián )侦探团，向罪犯宣战！