工藤新一是全(quán )国著名的高中生侦探，在(zài )一次追查(chá )黑衣(yī )人犯罪团伙(huǒ )时(shí )不幸被团伙成员发现，击(jī )晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常(cháng )帮助他的阿笠博士，博(bó )士为他(tā )度身打造不少间谍武器。为(wéi )了(le )防止犯罪团伙对他进行报(bào )复，新(xīn )一决定隐姓埋名，暗中(zhōng )追查他们(men )，希望(wàng )能(néng )得到解(jiě )药。一日，新一(yī ) 的女(nǚ )友毛利兰来到(dào )了阿(ā )笠博士(shì )的家寻找男友的下落，被小兰撞见(jiàn )的新一(yī )情急之下编造了自己名叫江户川(chuān )柯南，随后柯南寄居在(zài )了小兰家。小兰的父亲(qīn )毛利小五郎是一名私(sī )家侦探(tàn )，新一可以籍着和他一起四出办案一起追(zhuī )查黑(hēi )夜人(rén )的下(xià )落。柯南在(zài )小学认识步美等小学生(shēng )，他们一起组织了一个少年侦探团(tuán )，向罪犯宣战(zhàn )！