工藤新一是(shì )全国著名的高中生侦探，在(zài )一次追查黑衣人犯罪(zuì )团伙时不幸(xìng )被(bèi )团伙(huǒ )成员发(fā )现(xiàn )，击晕后喂(wèi )了神奇的(de )药水，工藤(téng )新一变(biàn )回了(le )小(xiǎo )孩！新一找到了经(jīng )常帮助他的(de )阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止(zhǐ )犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓(xìng )埋名，暗中追查他(tā )们，希望(wàng )能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士(shì )的家寻找男友的下落，被小(xiǎo )兰撞见的新一情急之下编(biān )造了自己(jǐ )名叫江户川(chuān )柯南，随后柯南寄居(jū )在了小兰家。小兰的(de )父亲毛利小(xiǎo )五郎是一(yī )名(míng )私家侦探(tàn )，新一可以籍着(zhe )和(hé )他一起四(sì )出(chū )办案一起追查黑夜(yè )人的下落。柯南(nán )在小学(xué )认识步美等小学(xué )生，他(tā )们(men )一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！