工藤(téng )新一(yī )是全国著名(míng )的高中生(shēng )侦探，在一次追查黑衣(yī )人犯罪团伙时不(bú )幸(xìng )被团伙成(chéng )员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变(biàn )回(huí )了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博(bó )士(shì )，博士(shì )为他度(dù )身打造不少间谍武器。为了防止犯罪(zuì )团伙对他进行报复(fù )，新一决定隐(yǐn )姓埋名，暗中(zhōng )追查他(tā )们，希望(wàng )能得到解药(yào )。一日，新一 的女友(yǒu )毛利兰来到了阿笠博士的家寻(xún )找男友的下落，被小兰撞(zhuàng )见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家(jiā )。小兰的父亲毛利小五(wǔ )郎是(shì )一名私(sī )家侦探，新一(yī )可以籍着和他(tā )一起四出(chū )办案一起追查(chá )黑夜人的下落(luò )。柯南在小学认识步美(měi )等(děng )小学生，他们一起组(zǔ )织了一个少(shǎo )年(nián )侦探(tàn )团，向罪犯宣战！