工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追(zhuī )查(chá )黑(hēi )衣人犯罪团伙时不幸被(bèi )团伙成(chéng )员发现，击晕后喂了神奇的药水(shuǐ )，工藤(téng )新(xīn )一变回了小孩！新一找到(dào )了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍(dié )武(wǔ )器。为(wéi )了防止犯罪团(tuán )伙(huǒ )对他进行报复，新(xīn )一决定隐姓埋(mái )名(míng )，暗中(zhōng )追查他们(men )，希望能(néng )得(dé )到解药。一日，新一 的女(nǚ )友毛利兰来到(dào )了阿笠博(bó )士的家寻找男友的下(xià )落，被小兰撞见的新一情(qíng )急之下编(biān )造了自己名叫江户川柯(kē )南，随后柯南寄居(jū )在了小兰(lán )家。小(xiǎo )兰的父(fù )亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一(yī )起四出办案一起追(zhuī )查黑夜人的下(xià )落。柯南在小学认识步美(měi )等小学生，他们一起(qǐ )组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战(zhàn )！