工藤(téng )新一是全国著名(míng )的高中(zhōng )生侦探，在一次追查黑衣人(rén )犯罪团伙时不幸(xìng )被团伙成员发现，击晕(yūn )后喂了神奇的药水，工藤(téng )新一变回了小孩！新一找(zhǎo )到(dào )了经常帮(bāng )助他的阿笠博士，博士(shì )为他度身打造不少(shǎo )间谍(dié )武(wǔ )器(qì )。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓(xìng )埋名，暗中追查他们，希(xī )望能得到解(jiě )药。一日，新一 的女友毛利兰来(lái )到了阿(ā )笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新(xīn )一情(qíng )急之(zhī )下编造了(le )自(zì )己名叫江户川柯南(nán )，随后柯(kē )南寄居在了小兰家(jiā )。小兰的父亲毛(máo )利小五郎是一名私家(jiā )侦探，新一可(kě )以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜(yè )人的下落。柯南(nán )在小学认识步美等小学生，他们(men )一起组织(zhī )了(le )一个少年侦探(tàn )团(tuán )，向(xiàng )罪犯宣战！