工藤新一是全国著(zhe )名(míng )的高中生侦探，在一(yī )次追查黑衣(yī )人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了(le )神奇的药水，工(gōng )藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博(bó )士为他(tā )度身打造(zào )不(bú )少间谍(dié )武(wǔ )器。为了防(fáng )止犯罪团伙对他进(jìn )行报复，新一决定隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他(tā )们，希望能(néng )得到解药。一日，新一(yī ) 的女友毛利(lì )兰来到了阿笠博士的(de )家寻找男(nán )友(yǒu )的下(xià )落，被小(xiǎo )兰撞见的新一(yī )情急之下编造了自己(jǐ )名叫江户川柯南(nán )，随后柯南寄居在(zài )了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎(láng )是一名私家侦探，新一(yī )可以籍着和他(tā )一起四出办案一起追查黑夜人(rén )的(de )下落。柯南在小学认(rèn )识步美等小(xiǎo )学生，他(tā )们一起组织了一个少(shǎo )年侦探团(tuán )，向(xiàng )罪犯宣战！