工(gōng )藤(téng )新一是全(quán )国著名的(de )高中生侦(zhēn )探，在一次(cì )追查黑衣人犯罪团(tuán )伙(huǒ )时不(bú )幸被团伙成员发现，击(jī )晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿(ā )笠博士，博士为他(tā )度身打(dǎ )造不少间谍(dié )武器(qì )。为了防止犯罪团伙对他进行报(bào )复，新一决定隐姓(xìng )埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一(yī ) 的女友毛(máo )利兰来(lái )到了阿笠博(bó )士的家(jiā )寻找男友的下落，被小兰撞见的(de )新一情(qíng )急(jí )之下编(biān )造了自己名叫江户(hù )川(chuān )柯南，随后柯南寄居在了小(xiǎo )兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍(jí )着和(hé )他一起四出(chū )办案(àn )一起追查黑夜人的下(xià )落。柯南在小(xiǎo )学认识(shí )步美等小学生，他(tā )们(men )一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！