工藤新一是(shì )全国著名的高(gāo )中生侦(zhēn )探(tàn )，在一次追查(chá )黑衣人犯罪团伙时(shí )不(bú )幸被团伙成员发现，击(jī )晕(yūn )后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到(dào )了经(jīng )常(cháng )帮助他的阿笠博士，博(bó )士为(wéi )他度身打(dǎ )造不(bú )少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一(yī )决定隐姓埋(mái )名，暗(àn )中追(zhuī )查他(tā )们，希(xī )望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰(lán )来到了阿笠博(bó )士的家寻找男友的(de )下落，被小兰撞见的新一情急之下(xià )编造了(le )自己名叫江户川柯南(nán )，随后柯南寄居(jū )在了小(xiǎo )兰家。小兰的父(fù )亲毛利(lì )小五郎是一名私家侦探，新(xīn )一可以籍(jí )着和他一起(qǐ )四出办(bàn )案一起追查黑夜人(rén )的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组(zǔ )织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！