工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查(chá )黑衣人犯罪团伙时不(bú )幸被团(tuán )伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一找到了经常帮助他的阿笠(lì )博士，博士为他(tā )度身打(dǎ )造不(bú )少(shǎo )间谍武器(qì )。为了防(fáng )止犯罪团伙对他进行报(bào )复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得(dé )到解药。一日(rì )，新一 的女友毛利兰来(lái )到了阿笠博士的家寻找(zhǎo )男友的(de )下(xià )落，被(bèi )小兰撞(zhuàng )见(jiàn )的新一情急之下编造(zào )了自己名叫江户川(chuān )柯南，随后柯南寄居(jū )在了小兰家。小兰的父亲毛(máo )利小五郎是一(yī )名私家侦探，新(xīn )一可以籍着和他(tā )一起四出办案(àn )一(yī )起追查(chá )黑夜人的下(xià )落(luò )。柯南在小学认识步美等小(xiǎo )学生，他(tā )们一起组(zǔ )织了(le )一个少年侦探团，向罪(zuì )犯宣战！