工藤新一是全国(guó )著名的高(gāo )中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不(bú )幸被(bèi )团伙成员发现，击晕后(hòu )喂了神(shén )奇的药水，工藤新一变回了小孩(hái )！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身(shēn )打造不少间谍武器(qì )。为了防止(zhǐ )犯罪团伙对他(tā )进行报复(fù )，新一决定隐姓埋名，暗(àn )中追查他(tā )们，希望能得(dé )到解(jiě )药。一日，新一 的女(nǚ )友毛利(lì )兰来到了阿笠(lì )博士的(de )家寻找男友(yǒu )的下落，被小兰撞见(jiàn )的新一情急之下编造了自己名叫江(jiāng )户(hù )川柯南，随后柯南寄居在了小兰(lán )家。小兰的(de )父亲毛(máo )利小五郎是一名(míng )私家侦(zhēn )探，新一可以(yǐ )籍着和他一(yī )起四出(chū )办案一起追(zhuī )查黑夜人的下落。柯南在小(xiǎo )学(xué )认识(shí )步(bù )美等小学(xué )生(shēng )，他们一起组织了一个少年侦(zhēn )探团，向罪犯宣战！