工藤新一是全国(guó )著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯(fàn )罪团伙时不幸(xìng )被团伙成员发现(xiàn )，击晕后(hòu )喂了神奇的药水，工藤新一变回(huí )了小孩(hái )！新一找到了经(jīng )常帮助他的阿笠博士，博(bó )士为(wéi )他度身打造不少间谍武器。为了防止犯(fàn )罪团伙对(duì )他进(jìn )行报复，新(xīn )一决定隐(yǐn )姓埋(mái )名，暗中追查他们，希望能(néng )得到(dào )解药。一日，新一 的女友(yǒu )毛利兰来到了阿笠博士的家寻找(zhǎo )男友的下落，被小兰撞(zhuàng )见的新一情急之(zhī )下编造了自己名叫江户川柯南，随后(hòu )柯(kē )南寄居在(zài )了小兰家。小兰的父亲毛利小(xiǎo )五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和(hé )他一起(qǐ )四(sì )出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小(xiǎo )学认识步美等小(xiǎo )学生(shēng )，他(tā )们一起(qǐ )组织了一个少(shǎo )年侦探团，向罪(zuì )犯宣战！