工藤新一是全国(guó )著名的高中(zhōng )生侦探，在(zài )一次(cì )追(zhuī )查黑衣人犯罪团伙时不(bú )幸(xìng )被团伙成员发现，击晕后(hòu )喂了神奇的(de )药水(shuǐ )，工(gōng )藤新一变回了小孩！新一找到了经常(cháng )帮助他的阿笠博士，博士为(wéi )他度身打造(zào )不少间谍武器。为(wéi )了防(fáng )止(zhǐ )犯(fàn )罪团(tuán )伙对他进(jìn )行报复，新一决定隐姓埋名，暗中(zhōng )追查他们，希望能得到解药。一日，新一(yī ) 的女友毛利兰来到了阿笠(lì )博(bó )士的家寻找男友的下落，被小(xiǎo )兰撞见的新一情急之下(xià )编造(zào )了(le )自己名叫(jiào )江户川柯南(nán )，随后(hòu )柯南寄居在(zài )了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名(míng )私家侦探，新(xīn )一可(kě )以籍(jí )着和(hé )他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他(tā )们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！