工藤新一是全国著名的高中(zhōng )生侦探，在一次追(zhuī )查(chá )黑(hēi )衣(yī )人犯罪团伙时不幸被团伙成员发(fā )现，击晕后喂了神奇的药(yào )水(shuǐ )，工藤新一变回(huí )了小孩(hái )！新一找到了经常(cháng )帮助他的阿笠博士，博士(shì )为他度身打造不少间谍武器。为了(le )防止犯罪团伙对他进行报复，新一(yī )决定隐姓埋名，暗(àn )中追查他(tā )们，希望能得到(dào )解(jiě )药(yào )。一日，新一 的女(nǚ )友(yǒu )毛利兰来到(dào )了阿笠博(bó )士的家寻找男友的下落，被(bèi )小兰撞见的新一(yī )情急之下编造了(le )自(zì )己名叫江(jiāng )户川柯南，随后柯南寄居在(zài )了小兰家。小兰的父(fù )亲毛利小五郎是一名私家侦(zhēn )探(tàn )，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下(xià )落(luò )。柯南(nán )在小学认识(shí )步美等小学生，他(tā )们一起组织了一个少年(nián )侦探团，向罪犯宣战！