工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一(yī )次追(zhuī )查黑衣人(rén )犯罪(zuì )团伙时不幸被团伙成员发(fā )现，击晕(yūn )后喂了神(shén )奇的药水，工藤新(xīn )一(yī )变回了小(xiǎo )孩！新一找到(dào )了经常帮助他的(de )阿笠博士，博士为他度身(shēn )打造不少(shǎo )间(jiān )谍武器。为了防(fáng )止犯罪(zuì )团伙(huǒ )对(duì )他进行报复，新(xīn )一决(jué )定隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一(yī )日，新一 的(de )女友毛利兰来到了阿笠博士的家(jiā )寻找男友的(de )下(xià )落，被小兰(lán )撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后(hòu )柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新(xīn )一可以籍着和他一(yī )起四出办案一起追查黑(hēi )夜人的下落。柯南在小学(xué )认(rèn )识步美等小学生(shēng )，他们一起(qǐ )组织了一个少年(nián )侦探(tàn )团，向罪犯宣战！