工藤新一是全(quán )国著名(míng )的高中(zhōng )生侦探，在一次追查黑(hēi )衣人犯罪团伙时(shí )不幸被团伙成(chéng )员发现，击晕后喂了神奇(qí )的药水，工藤新一变回了(le )小孩！新一找到了经常(cháng )帮助他的阿笠(lì )博士，博士为他度身打造不少间谍武器(qì )。为了防(fáng )止(zhǐ )犯罪团伙对他进行报复(fù )，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希(xī )望能(néng )得(dé )到(dào )解药。一日，新一 的女友(yǒu )毛利兰来到了阿笠博士(shì )的家(jiā )寻找男友的下落(luò )，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰(lán )家。小兰(lán )的父(fù )亲(qīn )毛利小五郎是一名私家(jiā )侦探，新一(yī )可以籍着和(hé )他一起四出(chū )办案一(yī )起追(zhuī )查黑夜人的下落(luò )。柯南在(zài )小学(xué )认(rèn )识步美等小学生，他们一起组织(zhī )了(le )一个少年侦探(tàn )团(tuán )，向罪犯宣战！