工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯(fàn )罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤(téng )新一变回(huí )了小孩！新(xīn )一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止(zhǐ )犯罪团(tuán )伙对他进行报复，新一(yī )决(jué )定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得(dé )到解药。一日，新一(yī ) 的女友(yǒu )毛利兰来到了(le )阿笠博士的家寻(xún )找男友的下(xià )落，被小兰(lán )撞见的新(xīn )一情急之(zhī )下(xià )编造了自己名叫(jiào )江(jiāng )户川柯南，随后柯南寄(jì )居在了(le )小兰家。小兰(lán )的父(fù )亲毛(máo )利(lì )小(xiǎo )五郎是一名私家(jiā )侦探(tàn )，新一可以籍着(zhe )和(hé )他一起四出(chū )办案一起追查黑夜(yè )人(rén )的下落。柯南在小学认识(shí )步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向(xiàng )罪犯宣战！