工(gōng )藤(téng )新一是全(quán )国著名的高(gāo )中生侦探，在(zài )一(yī )次追(zhuī )查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一(yī )找到了经常帮助他的阿笠博士(shì )，博士(shì )为他度身打造不少间(jiān )谍(dié )武器。为了防止(zhǐ )犯罪团伙对他进(jìn )行报复，新一决(jué )定隐姓埋名，暗中(zhōng )追查他们，希望能得到解(jiě )药。一日，新一 的女友(yǒu )毛利兰来到了阿笠(lì )博士的家寻找男友(yǒu )的下落，被小(xiǎo )兰(lán )撞见的新一情急(jí )之下(xià )编造了(le )自己名叫江(jiāng )户(hù )川柯(kē )南(nán )，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的(de )父亲毛利小五郎是一名私家(jiā )侦探，新一可以籍(jí )着(zhe )和他一起四出办案一起追(zhuī )查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美(měi )等小学生，他(tā )们一起组织了一个少(shǎo )年侦探团，向(xiàng )罪犯宣战！