工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙(huǒ )时不(bú )幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工(gōng )藤新一(yī )变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿(ā )笠博士，博士为他度身(shēn )打造不少(shǎo )间谍(dié )武器。为了(le )防止犯罪(zuì )团伙对他进行报(bào )复(fù )，新一决定隐(yǐn )姓(xìng )埋名，暗中追(zhuī )查他们，希(xī )望能(néng )得到(dào )解药(yào )。一日，新一(yī ) 的女友毛利兰来到了阿(ā )笠博士(shì )的家寻找(zhǎo )男友的下(xià )落，被(bèi )小兰撞见(jiàn )的新一情急之下编造了自己名叫江(jiāng )户川柯南，随后柯南寄居(jū )在(zài )了小兰家(jiā )。小兰的父亲毛利小五郎是一名私(sī )家侦探，新一可以(yǐ )籍着和他一起四出办案一起追查黑(hēi )夜人的下落(luò )。柯南在小学认识步(bù )美(měi )等小学生，他(tā )们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！