工藤新一是全国(guó )著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙(huǒ )时(shí )不幸被团伙成员发(fā )现，击晕后喂了神(shén )奇的(de )药水，工(gōng )藤新一变回了小孩(hái )！新一找到了(le )经常(cháng )帮助他(tā )的(de )阿笠博士，博(bó )士为他度(dù )身打造(zào )不少(shǎo )间谍武(wǔ )器。为了(le )防止犯罪团伙对他进行(háng )报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希(xī )望能得到解(jiě )药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠(lì )博士的(de )家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名(míng )叫江(jiāng )户川柯南，随后(hòu )柯南寄居在了(le )小兰家。小兰的父亲毛利小(xiǎo )五郎是一名私家侦探，新一可以籍着(zhe )和他一(yī )起四(sì )出(chū )办案一(yī )起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他(tā )们一起组织(zhī )了一个少(shǎo )年(nián )侦探团，向罪犯宣战！