工藤新一是全国著(zhe )名的高中(zhōng )生侦(zhēn )探，在一次追查黑衣(yī )人(rén )犯罪团伙时不(bú )幸被(bèi )团伙成员发(fā )现，击晕后喂了神奇的药(yào )水，工(gōng )藤新(xīn )一(yī )变回(huí )了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防(fáng )止犯罪(zuì )团伙(huǒ )对他进(jìn )行(háng )报复(fù )，新一(yī )决定隐(yǐn )姓埋名，暗(àn )中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来(lái )到了阿笠(lì )博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见(jiàn )的新一情急之下编造了自(zì )己名叫江(jiāng )户川柯南，随后(hòu )柯南寄居(jū )在了小兰家。小(xiǎo )兰的父亲毛利小(xiǎo )五郎是一名私家侦探，新(xīn )一可以籍着和他一起四出办案一(yī )起追(zhuī )查黑夜人的下落。柯南在(zài )小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探(tàn )团，向罪犯宣战！