工藤新一是(shì )全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团(tuán )伙成员发(fā )现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士(shì )，博(bó )士为(wéi )他(tā )度身打造不少间(jiān )谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新(xīn )一决定隐姓埋名，暗(àn )中追查他(tā )们，希望(wàng )能(néng )得到解药(yào )。一日，新(xīn )一 的女(nǚ )友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见(jiàn )的新(xīn )一情(qíng )急之下(xià )编造了自(zì )己名叫江户(hù )川(chuān )柯南，随后柯(kē )南寄居在(zài )了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎(láng )是一名私家侦(zhēn )探，新一可以籍着和他一起(qǐ )四出办案一起追(zhuī )查黑夜人的下落。柯南(nán )在小学(xué )认识步美(měi )等(děng )小(xiǎo )学生，他们一起组织了一个少(shǎo )年侦探团，向罪犯宣战！