工藤新一是全国著(zhe )名的高中生侦探，在一次(cì )追查黑衣(yī )人犯罪团伙时不幸(xìng )被团伙成员发现，击晕(yūn )后喂了(le )神奇的(de )药水(shuǐ )，工藤新一(yī )变回了小孩！新一(yī )找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他(tā )度身打造不少间(jiān )谍(dié )武(wǔ )器。为(wéi )了防止(zhǐ )犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋(mái )名，暗中追查他们，希望(wàng )能得(dé )到解药。一日，新一 的(de )女友毛(máo )利兰来到了阿笠博士的家(jiā )寻找男友的下落(luò )，被小(xiǎo )兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄(jì )居在了小兰家(jiā )。小兰的父亲(qīn )毛利小五郎(láng )是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案(àn )一起(qǐ )追查黑夜人的下(xià )落(luò )。柯南在小学(xué )认识步美等小学生，他们一起(qǐ )组织了一个少(shǎo )年(nián )侦探团，向罪犯宣战！