工藤新一是全国著(zhe )名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯(fàn )罪团伙时不(bú )幸被团伙成员发(fā )现(xiàn )，击晕后喂了神奇的药水，工藤新(xīn )一(yī )变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿(ā )笠博(bó )士，博士为(wéi )他度身打造不少间(jiān )谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女(nǚ )友毛利兰来到(dào )了(le )阿(ā )笠博士的家寻找男友的下落(luò )，被(bèi )小兰撞见的新一情(qíng )急之(zhī )下(xià )编造了(le )自己(jǐ )名叫江户川(chuān )柯南，随后(hòu )柯南(nán )寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小(xiǎo )五郎是一名私家侦探(tàn )，新一(yī )可以籍着和他一起(qǐ )四出办案一起(qǐ )追(zhuī )查黑夜人(rén )的下(xià )落(luò )。柯(kē )南在(zài )小学认识(shí )步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯(fàn )宣战！