工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追(zhuī )查黑(hēi )衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇(qí )的药水，工藤新一变回了(le )小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他(tā )度身打造(zào )不少间谍(dié )武器。为了防(fáng )止犯罪团伙对他进行报复，新一(yī )决定隐姓埋名，暗中追查他(tā )们，希望能得到解药。一日(rì )，新一 的(de )女友毛利兰来到了(le )阿笠博士的家寻(xún )找(zhǎo )男友的(de )下落，被小兰(lán )撞见(jiàn )的新(xīn )一情急之下编造了自(zì )己名(míng )叫(jiào )江户川柯南(nán )，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父(fù )亲毛利(lì )小五(wǔ )郎(láng )是一名私(sī )家侦探，新一可(kě )以籍着和他一(yī )起四出办案一(yī )起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一(yī )个少(shǎo )年(nián )侦探团，向罪犯宣战！