工藤新一是全国著名的高中生侦探(tàn )，在一次追查黑衣人犯罪(zuì )团伙时(shí )不幸被团伙成员发现，击(jī )晕后喂了神奇的药水，工(gōng )藤新一变回了小孩！新一找到(dào )了经常帮(bāng )助(zhù )他的阿笠博士，博士(shì )为他度身打造不少间谍武器(qì )。为了防止犯罪(zuì )团伙(huǒ )对他进行报复(fù )，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解(jiě )药。一日，新一(yī ) 的女友毛利兰来到了阿笠博(bó )士(shì )的家寻(xún )找男友的下落，被小兰撞见的新一情(qíng )急之(zhī )下编造(zào )了自己名叫(jiào )江户川柯南，随后柯南(nán )寄居在了小兰(lán )家。小兰的父亲毛利(lì )小五(wǔ )郎是(shì )一名私家侦(zhēn )探，新一可以籍(jí )着(zhe )和他一起四出办案一起(qǐ )追查黑(hēi )夜人的下落(luò )。柯南在小学(xué )认识步(bù )美等小学生(shēng )，他们一起(qǐ )组织了一个少年侦探团，向罪犯(fàn )宣战！