工藤新一是全国著名(míng )的高中生侦探，在一次追查黑(hēi )衣人犯(fàn )罪团伙时(shí )不(bú )幸被团(tuán )伙成员发现，击晕后(hòu )喂了神奇(qí )的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿(ā )笠博士，博士为他度身(shēn )打造(zào )不少间(jiān )谍武器。为了防止(zhǐ )犯罪团伙对他进(jìn )行报复(fù )，新一(yī )决定隐姓埋(mái )名，暗(àn )中追查他们，希望能得到解药。一日，新(xīn )一 的女友毛(máo )利兰来到了(le )阿笠(lì )博士的家寻找男友的下落，被小兰(lán )撞见的新(xīn )一(yī )情(qíng )急之下编造了自己名叫江(jiāng )户川柯南，随后(hòu )柯南寄居在(zài )了小兰家(jiā )。小兰的(de )父亲(qīn )毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍(jí )着和他一起四出办案一起追查黑夜(yè )人(rén )的下(xià )落。柯南在小学认(rèn )识步美等小学生，他们(men )一起组(zǔ )织了一个少年侦探团，向罪(zuì )犯宣战(zhàn )！