工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪(zuì )团伙(huǒ )时不幸被团伙成员发现，击晕后(hòu )喂了神奇(qí )的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮(bāng )助他的阿笠博士，博士为他度身(shēn )打造不少间谍武器。为了防止犯罪团(tuán )伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希(xī )望能得到解药。一日，新(xīn )一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男(nán )友的下(xià )落(luò )，被小(xiǎo )兰撞见的新一(yī )情急之下编造了(le )自己(jǐ )名叫江户川柯南，随(suí )后柯南寄居在了(le )小兰家。小(xiǎo )兰(lán )的(de )父亲毛(máo )利小(xiǎo )五郎是(shì )一名(míng )私家侦探，新一可(kě )以籍着和他(tā )一起(qǐ )四出办案(àn )一起(qǐ )追(zhuī )查黑夜人的下(xià )落。柯南(nán )在小学认识步(bù )美等小(xiǎo )学生，他们一起组织了(le )一个(gè )少年(nián )侦探团，向罪犯宣战！