工藤新一是全国著名的高(gāo )中(zhōng )生侦探，在一次追查(chá )黑衣人犯(fàn )罪团伙时不幸被(bèi )团伙成员发现，击(jī )晕后喂了神奇的(de )药(yào )水(shuǐ )，工藤新一变回了小孩！新一(yī )找到了(le )经常帮助(zhù )他的(de )阿笠(lì )博士，博士为他度(dù )身(shēn )打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行(háng )报复(fù )，新一决定隐姓埋(mái )名，暗中追查他们，希望(wàng )能得到解药。一日，新一(yī ) 的女(nǚ )友毛利兰来(lái )到了阿笠博士(shì )的家寻找男友的下落，被小(xiǎo )兰(lán )撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川(chuān )柯南，随(suí )后柯南寄居在了小兰家。小(xiǎo )兰(lán )的父亲毛利小五郎是一名(míng )私家侦(zhēn )探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜(yè )人(rén )的下落。柯南在小学认识步(bù )美等小学生，他们(men )一起组织了一个少年侦探团，向(xiàng )罪犯宣战！