工藤新一是(shì )全国(guó )著名的高中生侦探，在一次(cì )追查黑衣人犯罪团(tuán )伙时不幸(xìng )被团(tuán )伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了(le )小孩！新一找到(dào )了经(jīng )常帮(bāng )助他的阿笠博士，博士为他度(dù )身打造不少间(jiān )谍武(wǔ )器。为(wéi )了防(fáng )止犯罪团伙(huǒ )对(duì )他进行报复，新一(yī )决(jué )定隐姓埋(mái )名，暗中追(zhuī )查他(tā )们，希望能得到解药。一日，新一(yī ) 的女友毛利兰来到(dào )了阿笠博士的(de )家(jiā )寻(xún )找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下(xià )编造了(le )自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一(yī )可以籍着和他(tā )一起四出(chū )办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生(shēng )，他(tā )们一起组织了(le )一个少年侦探团，向罪犯宣战！