工(gōng )藤新一是全国著名(míng )的高中生侦(zhēn )探，在一次追(zhuī )查黑(hēi )衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员(yuán )发现，击(jī )晕(yūn )后喂了神奇的药(yào )水，工(gōng )藤(téng )新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的(de )阿笠博士，博士为他度身(shēn )打造不(bú )少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决(jué )定(dìng )隐姓埋名，暗中追(zhuī )查他们，希望能得到解(jiě )药(yào )。一日，新一 的女友毛(máo )利(lì )兰来到了阿笠博士的(de )家寻找男友的下落(luò )，被小兰(lán )撞见的新一情急之下编(biān )造(zào )了自己名叫江户川柯南(nán )，随后柯南寄居在了小兰家。小(xiǎo )兰的父亲(qīn )毛利小五(wǔ )郎是一名私家(jiā )侦探(tàn )，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的(de )下落。柯南在小学认识(shí )步美等小(xiǎo )学(xué )生，他们一起组织了(le )一个少年侦探团，向罪犯宣战！