工藤新一是(shì )全国著名的高中生侦探，在一次追(zhuī )查(chá )黑衣人犯罪(zuì )团伙时不幸被团伙成员发现，击(jī )晕后喂(wèi )了神奇(qí )的药水，工藤新一变回了小孩(hái )！新一(yī )找(zhǎo )到了(le )经常帮助他的阿笠(lì )博士(shì )，博士为(wéi )他度身打造不(bú )少间谍武器。为了防(fáng )止犯(fàn )罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查(chá )他们(men )，希望能得到解(jiě )药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友(yǒu )的下落，被小兰(lán )撞(zhuàng )见的新一情急之(zhī )下编造了自己名叫江户川(chuān )柯南，随后柯南寄居在了(le )小兰(lán )家。小兰的父亲毛利小五郎(láng )是一(yī )名(míng )私家(jiā )侦探，新一可以籍着和他一(yī )起四出(chū )办(bàn )案一起追(zhuī )查(chá )黑夜人的(de )下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织(zhī )了一(yī )个少年侦探团，向罪犯宣战！