工藤新一是全国著名(míng )的高中生侦探(tàn )，在一次追查黑(hēi )衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发(fā )现(xiàn )，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩(hái )！新一找(zhǎo )到了经常帮助(zhù )他的阿(ā )笠(lì )博士，博(bó )士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他(tā )进行报复，新一(yī )决定隐姓埋(mái )名，暗中(zhōng )追(zhuī )查他们，希望能得到解药。一(yī )日，新一 的(de )女友毛利(lì )兰来到了阿(ā )笠博士的家(jiā )寻找男友的下落，被小兰(lán )撞见的新一情急(jí )之下(xià )编(biān )造了自己名(míng )叫江户川柯南，随后柯(kē )南寄居(jū )在了小兰家。小兰的父亲(qīn )毛利(lì )小五郎是一名私家侦(zhēn )探，新一可以籍着和他(tā )一起四出办案一起追查黑夜人的下落(luò )。柯南在小学(xué )认识步美等小学生，他们(men )一起组织了一个少年侦探团，向罪(zuì )犯宣战！