工(gōng )藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追(zhuī )查黑(hēi )衣(yī )人犯罪团(tuán )伙时不幸被团伙成员发现，击晕(yūn )后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一找到(dào )了经(jīng )常帮助他的(de )阿(ā )笠博士，博(bó )士为他(tā )度身打造(zào )不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐(yǐn )姓(xìng )埋(mái )名(míng )，暗中(zhōng )追查他们(men )，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找(zhǎo )男(nán )友的下落，被小兰撞见的新(xīn )一情急之下编(biān )造了自己名叫江户(hù )川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰(lán )的父(fù )亲毛利小(xiǎo )五郎是一名私家侦探，新(xīn )一可(kě )以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南(nán )在小(xiǎo )学(xué )认识步美等小学(xué )生，他们一起组织了一个少(shǎo )年侦(zhēn )探团，向(xiàng )罪犯宣战！