工藤新一是全(quán )国著名的高中生侦探，在一次(cì )追查(chá )黑(hēi )衣人犯罪团伙时不幸被(bèi )团伙成员(yuán )发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经(jīng )常帮助他的阿笠(lì )博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪(zuì )团(tuán )伙对他进行报复，新(xīn )一决定隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新(xīn )一 的女(nǚ )友毛利(lì )兰来到了阿笠博士(shì )的(de )家寻找男友(yǒu )的下落，被小兰撞(zhuàng )见的新一情急之(zhī )下编造了自己名叫江(jiāng )户川柯南(nán )，随后柯南寄居在了小兰家(jiā )。小兰的父亲毛利小五(wǔ )郎(láng )是一名(míng )私家侦探，新一可以(yǐ )籍着(zhe )和他一起四出办案一起(qǐ )追查黑(hēi )夜人的下(xià )落。柯南(nán )在小学(xué )认(rèn )识步美等(děng )小学(xué )生，他们(men )一起组织(zhī )了一个少年侦探团，向(xiàng )罪犯宣战！