工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追(zhuī )查黑衣人(rén )犯罪团伙(huǒ )时不幸被(bèi )团伙成员发现，击晕后喂(wèi )了神奇的药水(shuǐ )，工藤新(xīn )一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度(dù )身(shēn )打造不少(shǎo )间(jiān )谍武器。为了防止犯罪团伙对他进(jìn )行报(bào )复，新一决定隐(yǐn )姓埋(mái )名，暗中追(zhuī )查他(tā )们，希(xī )望(wàng )能得到解(jiě )药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博(bó )士(shì )的家寻找男友的(de )下落(luò )，被小兰撞见的(de )新一情急之下编造(zào )了自己名(míng )叫(jiào )江户(hù )川柯南，随后柯(kē )南寄居在(zài )了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一(yī )可以籍着和他一起四出办案(àn )一(yī )起追(zhuī )查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个(gè )少年侦探团，向罪犯宣战(zhàn )！