工藤新一是全(quán )国著名的高中生侦探，在(zài )一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发(fā )现，击晕(yūn )后喂了神奇(qí )的药(yào )水，工藤新一(yī )变回了小孩！新一找到(dào )了经常帮助他的阿笠博(bó )士，博士为他度身打造不少间(jiān )谍武器。为了防止犯(fàn )罪团(tuán )伙(huǒ )对他进行报复，新一决定隐(yǐn )姓埋(mái )名，暗中追查他们，希望能(néng )得到解药。一日，新一 的女(nǚ )友毛利兰(lán )来(lái )到(dào )了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的(de )新一情急之下编造了自己名叫江户(hù )川柯(kē )南，随后(hòu )柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛(máo )利小(xiǎo )五郎是一名(míng )私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查(chá )黑夜人的下落(luò )。柯南在小学(xué )认识(shí )步美等小学生(shēng )，他(tā )们一起组织了一个少(shǎo )年(nián )侦探团，向(xiàng )罪(zuì )犯宣战！