工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑(hēi )衣人犯罪团伙(huǒ )时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工(gōng )藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一找到了(le )经常(cháng )帮助(zhù )他的阿笠博士(shì )，博士为他度(dù )身(shēn )打造不(bú )少间(jiān )谍武器。为(wéi )了防止犯罪团伙对他进行报复，新一(yī )决定隐姓(xìng )埋名(míng )，暗中追查他们，希望能得到解(jiě )药。一日(rì )，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家(jiā )寻找男友的(de )下落，被小兰撞见的新一情急之下编(biān )造了自己名叫江户(hù )川柯南，随(suí )后柯南寄居在了(le )小兰家。小兰的父亲毛利小五(wǔ )郎(láng )是一(yī )名私(sī )家(jiā )侦探，新一可以籍(jí )着(zhe )和他一起(qǐ )四出办案一起(qǐ )追查黑夜人(rén )的下落。柯南(nán )在(zài )小学认识步美等小学生(shēng )，他们一起组(zǔ )织了一个少年(nián )侦探(tàn )团，向罪(zuì )犯宣战！