工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追(zhuī )查(chá )黑衣人犯罪团伙(huǒ )时不幸被团(tuán )伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水(shuǐ )，工藤新一变回了小孩(hái )！新(xīn )一找到了经常帮助他的阿笠(lì )博士，博士为他度(dù )身打造(zào )不少间谍武器。为了防止犯罪团伙(huǒ )对(duì )他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查(chá )他们，希望能得(dé )到解(jiě )药(yào )。一日，新一 的女友毛利兰(lán )来到了阿笠博士的家(jiā )寻找男友的下(xià )落，被小兰撞见的新(xīn )一(yī )情急之下编造了自己名叫江户(hù )川柯南，随后柯南寄居(jū )在(zài )了小兰(lán )家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家(jiā )侦探，新一可以籍(jí )着和他一(yī )起四出办案一起追查黑夜人(rén )的下(xià )落。柯(kē )南在(zài )小学(xué )认识步美等(děng )小学生，他们一起组织了(le )一个(gè )少年侦探团，向罪犯宣战！