工藤新一是全国著名的高中(zhōng )生侦探，在一次(cì )追查黑衣人犯罪团伙时不幸(xìng )被团伙成员(yuán )发(fā )现，击晕后喂了(le )神奇的药水，工藤新一变回(huí )了小孩！新一找到了经常(cháng )帮助他(tā )的阿笠博士，博士为他度身(shēn )打造不少间谍武器。为了防止犯罪(zuì )团伙(huǒ )对他进行报复(fù )，新一决定隐姓埋(mái )名，暗(àn )中(zhōng )追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利(lì )兰来到(dào )了阿笠博士的家寻找男(nán )友(yǒu )的下落，被小兰撞见的新一情(qíng )急之下(xià )编造了自己名叫(jiào )江户川柯南(nán )，随后柯南寄居在了(le )小兰家(jiā )。小兰(lán )的父亲(qīn )毛利小(xiǎo )五郎是一名(míng )私家侦(zhēn )探，新一可以籍着和他一起四出办案(àn )一起追(zhuī )查黑夜人的下落。柯南在(zài )小学认识步美(měi )等小学生，他们(men )一起组(zǔ )织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！